新生兒先天性巨結腸採用經肛巨結腸切除術，患兒取膀胱截石位，齒狀線上方處環形切開直腸黏膜，黏膜下游離至盆腔腹膜折返處，切開肌環進入盆腔，邊拖出結腸邊遊離至正常腸段，切段後，近端與直腸黏膜切開處全層吻合。由於新生兒的結腸擴張端短、擴張程度輕，且新生兒乙狀結腸繫膜長，遊離度大，更容易從肛門拖出切除根治。該手術有創傷小、出血少、恢復快、無腸粘連、費用低、可早期實現經口餵養、費用低等優勢。