先天性巨結腸可以選擇經肛門Soave手術或者腹腔鏡手術來進行治療，這兩種手術方式造成的創傷較小，後期恢復較快，且術後一般不會出現併發症。其中腹腔鏡手術主要是利用腹腔鏡把結腸拖出體外進行治療。手術後要聽從醫生的指導做好護理工作，待傷口恢復之後應該要及時到醫院做複查。先天性巨結腸越早進行手術則預後效果便會較好些。