根據相關資料統計手足口病母傳抗體水平自出生後逐漸衰減，在嬰兒5-11月時最低。而手足口病發病率最高的年齡組是六個月到兩歲的幼兒，因此在兒童六個月時就可接種本疫苗。手足口病的高發期是在每年春季5-6月份，所以這種時間可選每年的1-3月份，也可根據孩子月齡及身體情況請醫生確定接種時間，接種後對嬰幼兒的保護期至少可持續五年。
另外，需要注意的是兒童接種過手足口病疫苗後仍有可能感染手足口病，因為引起手足口病的腸道病毒有二十多種，而手足口病疫苗只是針對其中一種腸道病毒71型，所以兒童仍有可能感染其它病毒而導致手足口病。而腸道病毒71型是我國手足口病的最主要的病原體，也是導致手足口病重症和死亡的主要病原體，所以接種手足口病疫苗很有必要。其它病毒感染症導致的手足口病多數都屬於輕症，能夠自行痊癒，基本也不會出現各種嚴重併發症，導致生命危險。