手足口病是由多種腸道病毒引起的急性傳染病，本病的傳染源包括患者和隱性感染者，流行期間患者為主要傳染源，病毒主要存在於血液、鼻咽分泌物及糞便中。其中糞便中病毒排出時間為4-8周，以發病後一週內傳染性最強，散發期間隱性感染者為主要傳染源。
手足口病主要經糞口途徑傳播，有可能是經呼吸道飛沫傳播和密切接觸傳播。本病傳染性強，患者和病毒攜帶者的糞便、呼吸道分泌物及患者的黏膜皰疹液中含有大量病毒。接觸尤其汙染的手、日常用具、衣物以及醫療器具等均可感染，其中汙染的手是傳播中的關鍵媒介。