手足口病病毒對紫外線和化學消毒劑很敏感，引起手足口病的病原體屬於小RNA病毒科，腸道病毒屬具體包括柯薩奇病毒、埃可病毒以及腸道病毒等。腸道病毒對理化因素的抵抗力較強，室溫下在衣物、毛巾、被褥和玩具上可存活數日，在汙水和糞便中可存活數月，在pH值3-9的環境中穩定，在胃腸道能耐受胃酸、蛋白酶和膽汁的作用。手足口病病毒對熱、去汙劑均有一定抗性，但加熱50℃可迅速破壞病毒，各種氧化劑，如高錳酸鉀、雙氧水、漂白粉等可用於消毒。
手足口病的傳染源包括患者和隱性感染者，病毒主要存在於血液、鼻炎分泌物及糞便中，其中糞便中病毒的排毒時間為4-8周，以發病後一週內傳染性最強。手足口病主要經糞-口途徑傳播，然後是經呼吸道飛沫傳播和密切接觸傳播，所以對於手足口病患者一定要注意做好隔離，並對患者的用具及時進行消毒，同時注意消滅蒼蠅、蟑螂等害蟲。