結核性腦膜炎的治癒率和患者的年齡、病情嚴重程度、治療是否及時、是否徹底，以及是否同時合併有其他臟器的結核等因素有關。結核性腦膜炎是致殘率、致死率較高的疾病，所以早期診斷、早期治療至關重要。整個的治療週期需要一年到一年半的時間，即使症狀明顯也要堅持用藥、全程用藥，足療程的治療，以免造成病情的反覆，增加治療的難度，造成不可逆的後遺症。目前一般採用三年或四年的用藥，大部分病人經過足療程、足劑量的治療之後預後良好，不會遺留有明顯的後遺症。有些病人會遺留有蛛網膜粘連、腦積水、顱神經損傷、癲癇、癱瘓、智能低下等後遺症，病死率大概15%左右。