胃腸神經官能症指的是功能性胃腸病，功能性的胃腸病是指無法用器質性的疾病來解釋患者的症狀。在臨床工作中很大一部分病人是功能性的胃腸病，功能性的胃腸病包括十幾種的疾病，包括功能性的消化不良、功能性腹脹、功能性便秘等。
每種疾病的治療方法也不太一樣，沒有特別有效的治療，主要是針對症狀，進行經驗性的治療，比方以腹脹為主的病人，可以給予幫助消化、減少腸道氣體的藥物，如各種消化酶，或促進胃腸道蠕動的藥物，如多潘立酮、莫沙必利、伊託必利等。對於便秘的病人，可以給予調節腸道蠕動的藥物，如莫沙必利、曲美布汀以及軟化大便的藥物等，每種功能性的疾病，其治療方案是不一樣的，需要到醫院進行相關的諮詢，制定治療方案。