食管克羅恩病尚無有效的根治療法，手術後複發率高，除非發生嚴重併發症，一般宜內科治療，主要為對症治療，包括營養支持、抗炎、免疫抑制劑治療等。
一、藥物治療
1、抑制炎症藥物：適用於慢性期和輕、中度急性期患者，不用於預防該病的復發。常用藥物有水楊酸柳氮磺吡啶、美沙拉秦、奧沙拉秦、甲硝唑等。
2、糖皮質激素：類固醇皮質激素仍然是目前控制病情活動最有效的藥物，適用於中、重度或爆發型患者。潑尼松為病情炎症急性期的首選藥物。
3、免疫調節藥物：如6-硫基嘌呤、甲氨蝶呤對慢性活動性食管克羅恩病有效。環孢素宜用於重症食管克羅恩病，起效快，但由於價格昂貴，不能普遍應用。近年來有人應用生物治療，如針對CD4及TNFa的單克隆抗體、重組IL-10和黏附分子抑制劑等，取得一定的療效。
4、生物製劑：包括腫瘤壞死因子阻斷劑如英利昔、阿達木單抗，抑制Ｔ細胞激活藥物如嵌合型擴大CD40單體(ch5D12)，抑制炎症細胞遷移和黏附藥物如那他珠單抗，作用於其他細胞因子的藥物如Fontoli-zumab､IL-6R單克隆抗體。
二、手術治療
外科手術治療僅適用於病變侷限，藥物治療無效，已有食管梗阻，或合併穿孔、內瘻、出血者，但本病有反覆發作的傾向，術後併發症、複發率均較高。手術主要是將病變局部的食管切除。
三、營養治療
多數食管克羅恩病患者均有不同程度的營養不良，系因吞嚥疼痛、進食困難、畏食、攝入不足以及炎症性疾病本身引起的消耗增加。營養支持治療十分重要。應及時補充少渣的要素飲食，進食困難、有食管瘻管形成、不能保證熱量需求者，應予全胃腸道外營養。
四、其他治療
對症及支持治療：抗分泌劑為減輕食管炎症症狀、促進潰瘍癒合，治療食管克羅恩病常並用抗分泌劑如質子泵抑制劑或H2-受體拮抗藥，以減少胃酸分泌和緩解胃食管酸反流。尤其是在應用皮質類固醇期間和合併有克羅恩病累及胃十二指腸者，並用抗分泌劑甚為有效。