小兒克羅恩病目前病因仍不清楚，可由多種原因引起，現普遍認為本病與免疫異常、感染、遺傳、環境因素均有關。本病有明顯的種族差異和家族聚集性，且白種人發病率高於黑人。
一、主要病因
遺傳、環境與免疫因素相互作用導致腸黏膜免疫反應過度活躍，造成腸道組織炎症及損傷。概括來說，某些遺傳易感因素決定了個體易於患病，在感染因子或腸腔內抗原的作用下，刺激黏膜相關淋巴組織，引起上調的T淋巴細胞反應，由此激活各種細胞因子的網絡，使局部組織發炎，並不斷放大和持續，引起腸壁的損傷和相應的臨床表現。
二、誘發因素
感染、免疫系統發育異常及免疫功能異常，可誘發小兒克羅恩病。