克羅恩病的治療目的為控制病情活動，維持緩解及防治併發症。相當部分克羅恩病患者在疾病過程中最終因併發症而需手術治療，但術後複發率高，至今尚無預防術後復發的有效措施。
一、一般治療
克羅恩病患者必須戒菸，強調營養支持，一般給高營養、低渣飲食，適當給予葉酸、維生素B12等多種維生素。
二、藥物治療
1、活動期治療：
（1）氨基水楊酸製劑：柳氮磺吡啶僅適用於病變侷限在結腸的輕、中度患者。美沙拉嗪能在迴腸末段、結腸定位釋放，適用於輕度回結腸型及輕、中度結腸型患者。
（2）糖皮質激素：對控制病情活動有較好療效，適用於各型中至重度患者，以及上述對氨基水楊酸製劑無效的輕至中度患者。但是使用前必須排除結核與腹腔膿腫等感染性疾病，部分患者表現為激素無效或依賴，應考慮加用免疫抑制劑。另外，長期激素治療患者應同時補充鈣劑及維生素D以預防骨病發生。
（3）免疫抑制劑：多選擇硫唑嘌呤或巰嘌呤，適用於對激素治療無效或對激素依賴的患者，對硫唑嘌呤或巰嘌呤不耐受者可試換用甲氨蝶呤。
（4）抗菌藥物：某些抗菌藥物，如硝基咪唑類、喹諾酮類藥物應用於本病有一定療效，甲硝唑對肛周病變、環丙沙星對瘻有效。上述藥物長期應用不良反應多，故臨床上一般與其他藥物聯合短期應用，以增強療效。
（5）生物製劑：英利昔為促炎性細胞因子拮抗劑，臨床試驗證明對傳統治療無效活動性克羅恩病有效，重複治療可取得長期緩解，近年已逐步在臨床推廣使用。
2、緩解期治療：氨基水楊酸製劑或糖皮質激素取得緩解者，可用氨基水楊酸製劑維持緩解。因糖皮質激素無效/依賴而加用硫唑嘌呤或巰嘌呤取得緩解者，繼續以硫唑嘌呤或巰嘌呤維持緩解。
三、手術治療
1、腸切除術：手術方式主要是病變腸段切除，瘻管合併腹腔膿腫患者建議先行超聲或CT引導下膿腫穿刺引流，粘連較輕者併發腸瘻推薦行腹腔鏡手術。
2、狹窄成形術：腸道進行縱向切割，然後進行橫向縫合，可擴張腸道，預防腸梗阻。
3、腸移植術：需要將患者小腸切除，並替換為器官捐獻者的小腸組織，較少用於治療克羅恩病。
4、迴腸造口術：主要是切除大腸及直腸，保留迴腸部位，然後縫合肛門，在下腹部做一造口，與迴腸相連，使其與體外相通。
四、營養治療
營養治療適合營養風險篩查出存在營養不良或有營養風險的患者；圍手術期患者，有手術指徵且合併營養不良或者有營養不良風險的患者；生長發育遲緩或停滯的兒童等情況。常見營養治療如下：
1、口服腸內營養：通常作為正常飲食外的小部分補充，口服補充腸內營養超過600kcal/d時，建議行管飼。
2、管飼腸內營養：途徑包括鼻胃管、鼻腸管、經皮內鏡下胃造口和手術胃造口等，但應結合鼻飼的時間長短、是否存在胃排空障礙、幽門梗阻等實際情況選擇合適的管飼途徑。
3、使用腸內營養製劑：按氮源分為整蛋白型、短肽型和氨基酸型，也可分為要素膳、半要素膳和多聚膳。患者在治療中應根據個體化原則和患者的耐受程度選擇合適的製劑。