克羅恩病沒有特殊的治療方法，沒有併發症時，用支持療法和對症治療。嚴重病例需要暫時禁食，糾正水電解質酸鹼平衡紊亂，採用腸內腸外營養支持。水楊酸偶氮磺胺嘧啶，腎上腺皮質激素控制活動期症狀，補充多種維生素礦物質促進體內蛋白質的合成。水楊酸類柳氮磺嘧啶和氨基水楊酸適用於慢性期和輕症重活動期病人，腎上腺皮質激素常用於中重症，或爆發型，患者對於不能耐受口服者可用氫化可的松或甲基強的松龍，其它藥物對腎上腺素皮質激素或磺胺藥治療無效時，可改用或加用硫唑嘌呤等。