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急性肺栓塞，在48小時內或72小時內，最主要的治療手段為溶栓。臨床使用較多為尿激酶，因其安全性比較好，且價格便宜，絕大多數患者都比較容易接受。如果患者的經濟條件較好，對治療的要求較高，也可以用r-tPA這種藥物。這種藥物價格較高，但治療上安全性會更好。在臨床上，尿激酶 有兩種治療方案，靜脈推注、靜脈點滴，或用微量泵長期維持治療，方法比較多。在使用完尿激酶後，就要進行抗凝治療，常用的藥物是華法林和低分子肝素。在開始的過程中，兩種藥是需要聯合使用的，聯合使用後須定期監測患者的凝血功能。因為抗凝藥物可以防止血栓形成，有溶栓的作用，部分患者特別敏感，容易出現出血的併發症，所以開始時要聯合應用，再監測凝血功能。監測凝血功能達到了臨床相應的標準後，就要開始把兩種藥換成一種藥，即使用口服藥物，後期維持鞏固治療的。因為臨床上使用上述藥物有大出血的風險，所以最好在專業的醫生的指導下進行使用，而且一定要住院治療使用。
溶栓治療是肺栓塞的有效治療方法之一，治療時間窗為急性起病後14天內，越早進行溶栓，效果越好。目前臨床上使用的溶栓藥物包括：尿激酶、鏈激酶、重組纖維酶原等，同時應監測凝血酶原、纖維蛋白原時間等指標。對於近期有活動性出血的患者，如自發性顱內出血、上消化道出血、外傷大出血，應絕對禁 止使用溶栓治療；對於高血壓、血小板減少症、既往有過上消化道出血病史的患者，屬於相對禁忌，可以採用溶栓治療。對於大面積肺栓塞伴胸痛、咳血癥狀的患者，應及時進行溶栓治療。