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肺栓塞的治療時間至少需要3個月的抗凝治療。選擇抗凝藥物以後，患者會選擇不同的抗凝藥物，過程中會監測患者的凝血或者新型抗凝藥是不需要監測的，但是整體治療至少3個月。3個月以後會給患者進行病情評估，如果高危因素已經去除了，而且肺栓塞已經好轉，抗凝治療就可結束。
妊娠期肺栓塞的診斷主要是患者的激素水平。懷孕以後激素水平會發生變化，包括子宮增大導致下腔靜脈受到壓迫，孕產婦較容易出現下肢血栓形成。下肢血栓形成以後，一脫落就會堵在肺動脈血管上，就會導致急性肺栓塞，這是孕產婦死亡的主要原因。在妊娠合併肺栓塞的診 斷過程中，要注意對胎兒和孕婦的保護，因為肺栓塞的主要診斷是肺動脈造影。但是其是影像學檢查，有射線，會對胎兒發育造成影響。所以為保護胎兒和孕婦，選擇的主要是下肢靜脈血管超聲和D-二聚體。雖然孕期D-二聚體也會升高，但是其價值主要在於如果其是陰性的，肺栓塞就會相對較小，其有排除作用。
妊娠期合併肺栓塞的治療要充分考慮抗凝藥物對孕婦和胎兒的影響。如果是普通患者，選擇低分子肝素和華法林聯合抗凝治療的，但是華法林對胎兒有致畸作用，所以孕產婦出現肺栓塞，首選皮下注射低分子肝素，並且根據孕產婦的體重去調 節應用的劑量。如果在妊娠早期使用華法林會導致胎兒的中樞神經系統異常，有致畸的風險，晚期會引起胎兒或者新生兒出血或者胎盤早剝。
對於急性肺栓塞，原則上要求病人首先是臥床，然後給予吸氧。因為病人有胸痛症狀，一般應用嗎啡類鎮痛，但是對於一些大面積的肺栓塞，或者呼吸困難比較明顯的肺栓塞，要急性溶栓。溶栓的方法一般的是5天之內都可以進行溶栓。但是溶栓 的方法有比如用尿激酶或者鏈激酶，或者現在用的組織纖溶酶，效果都非常好。對於肺栓塞還是要重視，因為一些病人都有原發病，一般都有下肢靜脈血栓。所以建議這些病人要應用抗凝藥物來治療，抗凝藥物現在比較常用的是低分子肝素鈣或者華法林，還有利伐沙班。因為華法林要求患者經常查INR值即國際標準值，這樣可以預防出血。但是利伐沙班沒有這樣的要求，對於70-80歲的老人也可以應用，是比較安全的藥物。
肺栓塞病人大部分都合併有下肢靜脈的深靜脈血栓形成。對於這些病人，建議適當活動，不能做劇烈活動，這樣栓子容易脫落。但是這種病人建議抗凝治療，還有防止新的血栓形成，減少肺栓塞再發，降低肺動脈壓，也可以應用下肢血管濾網，達到完好治療。實際上血栓形成大家都知道，最早發現的時候肺栓塞是長期的坐飛機病人，他的下肢活動度比較減少，所以過去沒有下肢靜脈血栓，但是長期坐到一定的位置上不做運動，有可能誘發下肢血栓形成。但是在下肢血栓形成的過程中，血栓栓子不穩定，容易在活動後脫落，誘發肺栓塞形成。
肺栓塞病人經過治療以後，對於呼吸困難完全糾正的患者，可以不用吸氧。因為呼吸困難已經糾正，肺栓塞栓子完全溶解，病人呼吸通暢，整體狀況比較好，所以病人不用吸氧。但是對肺栓塞治療以後，呼吸困難不能完全糾正的病人或者有其它合併症的病人，還是建議吸氧，並且對吸氧濃度有要求。吸氧濃度太大，容易誘發患者呼吸道乾燥，誘發出血。一般要求病人用氧濃度是2L/min左右，則可以達到病人糾正缺氧目的，減少相關併發症出現。因為大劑量的吸氧可能誘發比如鼻腔黏膜出血。因為在肺栓塞的治療過程中包括後續治療都要應用抗凝治療，如果出血則不容易止血，會影響下一步治療。