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肝門部膽管癌手術方式主要有：1、高位膽管癌如果是Ⅰ型高位膽管癌，也是僅需要在膽管上方，腫瘤上方旁1-1.5cm做切除，切完以後把切緣送化驗，如果切緣是陰性就可R0切除，這樣做斷端吻合也可以，做膽腸吻合也可以；2、Ⅱ型高位膽管癌是左右肝管要整合，切完以後左右肝管做整合，整合完以後再和腸管做端側吻合；3、Ⅲ型高位膽管癌，比如ⅢA型的高位膽管癌需要做右半肝切除，做肝尾狀葉切除，用左側肝管和腸管做膽腸吻合；如果是ⅢB型的高位膽管需要做左半肝切除加尾狀葉切除，然後右側膽管和腸管做端側吻合；4、Ⅳ型高位膽管癌，達到根治的幾率很低，如果能達到根治也是做局部的根治，也不能達到真正意義上的R0切除，Ⅳ型高位膽管癌如果家庭有條件，還是建議以肝移植為最好，肝移植可以達到相對根治。
肝門部膽管癌手術後擴散和術中擴散還有手前擴散都很常見，因為肝門部膽管癌惡性程度比較高，70%以上是低分化腺癌，早期發現的幾率比較低，往往患者早期的時候沒有特殊症狀，只是普通消化道系統症狀，只有當出現黃疸時，才會到醫院就診看病。現在能做增強磁共振 ，有些地方能做增強CT，只要能做正規檢查，肝門部膽管癌容易早期發現，但惡性程度比較高，所以很早期的就會發生肝門淋巴結的轉移，有些會發生肝臟局部的侵犯、肝臟轉移。所以肝門部膽管癌在手術前要做正規評估，手術後要定期複查，手術前如果沒有轉移，腹腔淋巴結也沒有，肝門也沒有，手術後也要常規做檢查，要經常不斷做複查，做複查的目的是要早期發現轉移灶，早期做治療。
肝門部膽管癌手術後有以下注意事項：1、一定要注意經常複查，注意患者的飲食，注意患者症狀，經常複查是為了防止復發，或者是有復發時、有轉移時能早期發現、早期治療來達到良好效果；2、注意患者飲食，因為肝門部膽管癌做完以後，有些患者仍然存在消化功能不好，尤其是膽汁分泌量不足的時候，會出現飢一頓飽一頓，有時消化不太理想，所以手術後時一定要注意患者的飲食狀況，吃高蛋白飲食、低脂飲食、高維生素飲食，一定要注意好；3、患者的活動量，要求應該是一個小時走6-8公里，一定要活動量夠，每天的運動量應該達到3個小時以上，6個小時以下最好；4、藥物的問題，如果是肝門部膽管癌比如低分化癌，手術後要做化療局部放療，如果高分化或者是中分化癌，手術後要吃口服化療藥或者一部分靜脈化療，另外還可以參加Ⅲ期臨床做靶向治療。
肝門部膽管癌手術後的預後相對不太理想偏差，是因為分化程度低，而且能達到R0切除的幾率相對偏低，是因為位置所做決定，因為肝門部膽管癌上下不到3cm的距離，所以要按照腫瘤根治的標準，腫瘤應該是上方切到1.5cm，下方要切到1.5-2cm，如果是Ⅲ型高位膽管癌能做半肝切除，而且有些患者即 便是Ⅲ型高位膽管癌，做了半肝切除也達不到根治，因為有血管侵犯也有的有各種各樣的原因。比如膽管侵犯、血管侵犯，還有肝臟局部受侵犯，這些達不到根治，所以肝門部膽管癌基本整體預後沒有中位和低位的效果好，也沒有肝癌效果好。因為肝門部膽管癌位置比較特殊，不像低位膽管癌可以隨意切，中位膽管癌也是上下都可以拓展，只有高位膽管癌無法切，尤其像Ⅳ型高位膽管癌只能做肝移植。但也不是每個患者、每個家庭都能接受肝移植，主要考慮肝源的問題，還有費用問題，因為肝移植價格昂貴。
肝門膽管癌是臨床上相對較常見的惡性疾病，因為特殊位置導致手術也是具有很大特殊性，具體切除範圍需要看腫瘤侵犯範圍。根據腫瘤範圍不同，現在臨床上將肝門膽管癌分成四型，這是常採用的分型標準。較早期的腫瘤只是侵犯肝總管，手術只需要將肝總管部分的膽管切 掉，然後將淋巴結清掃乾淨。下一步就需要將下邊的空腸提上來和肝門部左右肝管做吻合，這樣就是把膽道引流重新建立起來。當然在切除腫瘤的時候，一般膽囊也要同時切掉。另外有一部分患者疾病進展較差，可能會侵犯左右肝管匯合位置，但只要沒有往左右肝管進一步侵犯，就和單純侵犯肝總管手術範圍相對差不多，也需要做局部膽囊切除、淋巴結清掃、膽腸吻合。假如腫瘤侵犯左邊或右邊膽管，這個時候單純切肝門部膽管不夠，還需要聯合半個肝臟切除和尾狀葉切除，再把剩下的一側肝管和空腸做吻合。還有最差的就是左右肝管都受累，這是手術當中最不希望遇到的情況，因為這種情況提示手術無法切除乾淨，只能做一些支架植入、外引流術等小手術，達到減輕黃疸，保證肝臟功能正常。
肝門部膽管癌手術能否成功，最主要的問題就是手術當中探查，能否將膽管切緣做到陰性，還有就是腫瘤是否侵犯血管，能不能夠把腫瘤完整的從血管分離，或聯合血管切除後將血管重新對接起來。再有就是如果需要切除肝臟，還需要看剩餘肝臟是否夠用 ，所以具體到每位患者，他的手術成功率很難斷定。一般來講在決定做手術前，都會做非常精細的評估，採取很多治療措施，一般決定去做手術，絕大部分至少應該有百分之五六十的手術成功把握。但也確實有少數的患者，有可能進到腹腔裡就發現有肝臟轉移，或腹腔種植轉移，這種情況基本上完全沒有辦法進行手術，只是做一個探查就結束了。還有少部分患者可能之前覺得應該有機會做手術，但是在手術的過程中發現沒有辦法徹底根治，手術也做到一半不能完全終止，這個時候有可能就是做姑息切除。手術是結束了，但並不是非常成功的腫瘤根治性手術。
絕大部分膽管癌的手術都需要切除部分膽管，然後將膽管和空腸進行吻合。手術後早期發熱的原因常見：1、手術區域的積液吸收導致發熱，這種發熱一般相對不會太高，病情較好控制；2、少部分患者可能會出現吻合口瘻，當出現這種情況的時候，患者 會出現腹膜炎的情況，這種感染相對較嚴重，這是較容易出現高熱的一種情況；3、部分患者在手術後遠期發燒，這種遠期的發燒絕大部分是因為反流性膽管炎引起。針對這種反流性膽管炎的原因大概有兩種情況：一種是因為腸道內容物反流到肝內膽管，反流進去以後向外排出不通暢，引起反覆發燒，並不與腫瘤相關，這是一種情況；還有一部分患者手術腫瘤切除不徹底，導致膽管吻合口處膽管腫瘤局部復發，復發腫瘤導致吻合口狹窄，這種情況患者特別容易出現腸內容物反流，且繼發感染不易控制的情況。
PTCD的中文全稱是經皮肝臟膽道穿刺引流置管術，主要是在彩超或者CT的引導下，通過特製的穿刺針穿刺到膽管裡面，進行膽汁的引流，主要是作用在一些惡性膽道腫瘤，比如肝門膽管癌、膽管下端癌，還有胰腺癌病人如果發生了遠處的轉移，或病人年齡比較大，身體條件 不好，不適合做大的手術，在這種情況下，需要進行膽道引流，改善黃疸的情況，降低黃疸的指數，對肝臟起到一個很好的保護作用。這種手術叫姑息性的膽道引流治療；還有一些病人，因為黃疸時間比較長，對凝血功能有影響，如果手術，凝血功能不好的病人在手術當中會發生大出血。術前做一個PTCD把黃疸降下來，這樣手術的安全性也會提高；另外還有一種就是病人發生了嚴重的膽道感染，發生感染性休克，這種情況下面，病人不適合做急症手術，也可以進行膽道引流，把感染的膽汁引出來，緩解感染症狀，等緩解以後，再進行第二步的手術治療。
PTCD穿刺治療一般不會引起腫瘤的擴散，因為PTCD主要是應用在膽管的腫瘤，膽管的腫瘤就分膽管的低位腫瘤、中段的腫瘤或膽管高位腫瘤，還有一種就是胰頭的腫瘤。這些腫瘤在穿刺的過程當中，穿刺的途徑都不會經過腫瘤，所以接觸不到，就不會發生腫瘤的播散、擴散。有些情況下面也有可能發生腫瘤的擴散，比如胰腺的腫瘤或膽管的腫瘤，但是主要是胰腺的腫瘤。發生了肝臟的轉移以後，肝臟裡邊很多轉移病灶，但是要通過肝臟穿刺到膽管裡面，所以在穿刺的過程中有可能碰到腫瘤，然後在穿刺的過程中引起一些播散。但是在彩超的引導下，選擇的穿刺途徑會盡量的避開肝臟的腫瘤病灶，以免發生轉移。
肝門膽管癌晚期的治療，以膽管引流，解除黃疸為主。因患者的膽道遭受阻塞，需運用引流法將梗阻解除，其治療方式有兩種，其一為通過膽道系統，經口腔放入十二指腸鏡，在膽管內放置塑料或金屬的支架，使膽汁能重新流入十二指腸，此種方法在醫學上稱為ERCP；另一種方法為PDCD，即通過肝 髒穿刺到膽管進行引流。兩種方式均能將膽汁通過梗阻部位引流出，達到降低黃疸的目的。