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腎結石大小為3×3mm並不嚴重，在臨床相對屬於比較小的腎結石。患者通常都沒有明顯的症狀或不適，較多都可以通過體檢而發現，有時通過飲水、適當運動可自行排出。通常只要沒有引起腎臟積水，輸尿管也沒有先天性的狹窄、病變，3×3mm的腎結石不嚴重。
2cm腎結石的處理方法有很多，包括輸尿管軟鏡鈥激光碎石、經皮腎鏡鈥激光碎石，或腹腔鏡腎盂切開取石等。對於2cm的腎結石，需要通過B超檢查做出初步評估，需要觀察結石位置、腎積水的情況，還可以做泌尿系統CT檢查、靜脈分泌造影檢查等，可以對結石做出更精準的判斷。
三金排石湯治療腎結石，具體的療程長短，需要通過服用中藥治療後，複查彩超查看結石的排出情況而決定療程的長短。患者服用三金排石湯後，可以1周或4周複查彩超，以瞭解結石是否排出體外，如果排出體外，則可以停藥。通常服用藥物治療4周左右，可以考慮停藥。
腎石通顆粒屬於複方製劑，主要有清熱、利溼、通淋的作用，因此腎石通顆粒對腎結石具有治療作用。腎結石診斷治療指南，建議腎結石能否使用中醫中藥的方法進行排出，需要根據腎結石的大小、形態和位置等方面進行決定，常見情況如下：
未發生腎結石的患者，可以服用腎石通顆粒。如果存在泌尿系統感染，即中醫所稱的淋證，此時雖然未發生腎結石，但也可以服用腎石通顆粒進行治療。腎石通顆粒是一個複方製劑，主要有清熱、利溼、通淋的作用。腎結石患者利用腎石通顆粒的通 淋作用，主要起到排石的作用。
通常認為腎結石與喝茶水無關，尤其是腎結石的形成與喝茶水無關。尿液濃縮可以使尿液中的有機成分和無機成分處於過飽和狀態，無機成分容易析出結晶形成腎結石。患者多喝茶水反而可以起到稀釋尿液和無機鹽的作用。因此喝茶水多，反而不容 易形成腎結石。
腎結石病人可以飲用茉莉花茶。腎結石的病人需要多飲水，起到預防結石和排出結石的作用。但病人有時多飲白開水，難以達到攝入量的要求，但如果飲用口感比較好的水，如茉莉花茶水，則可能達到醫生的要求。
對於0.3cm的腎結石，建議患者積極採取自行治療，包括多飲水、服用排石藥物，以及適當運動等。推薦每天飲水量＞2500ml。多喝水的好處是可以形成更多尿液，不僅具有沖洗作用，還可以促進結石移動，並且能夠稀釋尿液中的結晶物質濃度，避免結石更快增大。另外，可以採用跳繩、跑步、爬樓梯等運動，均有助於結石的移動。
對於已經診斷有上尿路結石，或者具有泌尿系梗阻高風險的已婚女性，原則上不建議懷孕，至少應該等到結石排出或者結石處於較穩定狀態時，再進行備孕。因為女性懷孕期間可能發生一系列生理變化，例如結石非常容易從腎臟掉到輸尿管裡面，引起劇烈疼痛。該疼痛會放射到下腹部、會陰部，甚至可能誘發早產、流產。