結腸炎時腸道黏膜細胞會有水腫、變性等改變，黏膜的通透性就會增加，可以有比較多的蛋白質等大分子物質滲透到腸腔內，白細胞也因為炎性物質的吸引，從腸壁內滲透到腸腔內。這些滲入到腸腔內的白細胞和蛋白質成分，不能被結腸吸收，就可以在腸道內細菌的作用下，聚集形成黏液樣改變，黏液便提示有結腸的炎性改變，不能確定是細菌性感染，還是結腸的免疫功能紊亂所致。

有黏液便時應該進一步做大便常規檢查，必要時做大便培養和腸鏡檢查，分析結腸炎的種類，感染所致可以用氟哌酸等藥物治療，潰瘍性結腸炎可以用柳氮磺嘧啶治療。