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患者進行腸道清潔後排大便為黃水，這種情況並非最佳，但不是一定不能進行腸鏡檢查。腸鏡檢查之前需做腸道清潔，以免腸道內有大量糞便塗布在腸黏膜表面，影響觀察和進鏡，故進行腸鏡檢查之前，患者需服用瀉藥清潔腸道，而 清潔腸道較為完美的情況是服用瀉藥後，最終排出無色清水。
腸鏡檢查之前需做腸道準備，常用電解質溶液，服用電解質溶液時，應注意根據護士指導方法配好溶液，邊飲邊走動，要小口慢飲，不能過猛。腸道準備以往常用手段是服用硫酸鎂或甘露醇，但患者不易配合，且副作用相對較大，近年來電解質溶液成為較好的 選擇，通常需在腸鏡檢查前一晚飲用3000ml的電解質溶液。
通常在做腸鏡檢查前一晚服用瀉藥，腸鏡檢查會預約到下午，不影響患者前一天進食晚飯。但需注意晚飯不應攝入過雜、刺激性較大的食物，以免導致排洩困難，可以喝粥及少渣食物。在下午晚飯6點後，將1袋電解質溶液粉配入1000ml水中開始飲用，1小時內喝1000ml，2-3小時可將電解質溶液飲盡，開始排洩，晚上10-11點排瀉乾淨，然後睡覺。
腸鏡檢查既可以做普通腸鏡，也可以做無痛腸鏡。從醫生的角度而言，兩種檢查對疾病的診斷效果沒有區別。無痛腸鏡可以麻醉，患者在睡著的狀態下進行，沒有做腸鏡的不適體驗。對腸鏡耐受較差或膽小的患者可以選擇無痛腸鏡，大部分人可以接受普通腸鏡 檢查。部分麻醉高危人群不能接受麻醉，只能做普通腸鏡。
肛門鏡和腸鏡屬於兩種完全不同的檢查方式，肛門鏡相對於腸鏡而言比較粗，材質比較硬。肛門鏡主要用於肛門局部疾病的診斷和治療，無法進一步深入到更遠端的直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸等部位進行觀察。
嚴格來講，沒有腸道菌群失調症這種疾病，人體腸道內有大量微生物，有較多細菌，細菌通過彼此間的相互作用，以及與腸黏膜的相互作用，維持著腸黏膜的完整性和功能平衡。當腸道正常菌群出現問題，即失去正常狀態時，有可 能會影響腸道內環境的平衡，影響腸黏膜功能的穩定性，從而出現相應症狀，稱為腸道菌群失調。
腸道菌群失調時腸道環境被打破，腸道本身會出現症狀，如大便習慣改變、腹脹，也可能會出現其他系統問題。但腸道菌群失調與疾病之間的關係尚不明確，若確定某種細菌與疾病有關，則可能是感染性疾病，而非腸道菌群失調。
腸道菌群可以自我調節，腸道內有成千上萬、各種各樣的菌，複雜多樣菌群的調節能力較好，即便是環境變化、飲食變化，會暫時影響到某些菌群的生存條件，對整個菌群的大環境而言，通過自身調節，即可較快恢復正常。腸道菌群是較為穩定的生態 系統，少數情況下才會出現致病性紊亂。