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進行腸鏡檢查所需時間因人而異，如果存在病變情況，檢查時間相對有所延長，必須在內鏡下仔細觀察腫物，以記錄所需參數，包括腫瘤大小、部位、有無出血。如果常規內鏡胃未發現明確病變，通常檢查時間在30-40分鐘，如果存在病變需特殊觀察或需在腸鏡下、內鏡下進 行治療，可能需要更長時間。
臨床上進行腸鏡檢查會通過進鏡、退鏡、牽拉，把腸道全部套到腸鏡的鏡身，在套的過程中，腸道的位置會發生改變。在位置改變的時候，會出現牽拉痛，腸道神經對牽拉痛比較敏感，但這種腹痛相對比較正常。腸鏡也會有一些風險，主要與病人的體質、腸壁厚薄有關。如果腸壁較薄，腸鏡進去氣一衝，可能就發生穿孔了，可能出現腹痛，屬於不正常的腹痛，為急腹症的一種，只要操作者仔細檢查，小心、輕柔的操作腸鏡，一版是不會出現腸穿孔的併發症。