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直腸炎主要靠藥物和灌腸治療，在市面上能夠購買到也是比較多的中成藥。因為藥品比較多，就顯得相對比較混亂，比如常見的中成藥有固本益腸丸、補脾益腸丸、固腸止瀉丸、腸胃寧片、、結腸寧、錫類散、小建中膠囊等藥物。
肛門鏡可以查出直腸炎，但是肛門鏡的長度有限，在臨床檢查的時候用肛門鏡檢查，只能看到直腸下段的黏膜，臨床表現是下段黏膜充血、水腫或者有糜爛出血點、潰瘍點，甚至在肛門鏡底部可以看到黏液血，但是肛門鏡檢查不能完全看到直腸的全段。
直腸炎患者可以吃益生菌，直腸炎會出現大便次數增多、腹瀉，腹瀉期間腸道黏膜受到損傷，腸道內有害菌與有益菌比例會出現失調或者腸道內菌群失調，也會導致直腸炎引起腹瀉。因此，直腸炎患者可以吃益生菌，包括雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片等。
醫生說直腸炎不用吃藥，一般針對部分病情尚不嚴重的患者，他們一般無全身症狀，未伴明顯黏液血便、腹痛、出血、腹瀉或便秘等症狀，經過一般處理即可好轉，暫時不用吃藥，而其他患者依然需要進行藥物治療。
直腸炎患者積極進行治療是可以治癒的，但可能會由於日常飲食習慣不良、感染、過度勞累等因素復發，因此無法根除。直腸炎可根據發病原因的不同，分為潰瘍性直腸炎、感染性直腸炎、放射性直腸炎等多種類型，但可有直腸出血、直腸疼痛、腹瀉、黏液膿血便等共同表現。由於類型較多，可從以下幾種方法進行治療：