激光具有較強的生物效應，對於人體主要為刺激調整作用，不會造成生物組織的不可逆性損傷。其生物效應主要表現在刺激各種酶的活性、刺激機體免疫機能，起到抗炎及刺激組織生長、促進牙齦血液循環和組織癒合的作用。

激光可以用於機械治療難以到達的部位，如根分叉區的輔助治療，促進牙周膜細胞的增殖和再附著，有效減少根分叉區的骨質喪失。更重要的是大部分激光治療屬於微創操作，患者的就醫感受較好，常規牙周治療配合激光治療的術後反應，如牙齦紅腫、牙本質過敏都大大減輕，可以緩解患者牙周治療的恐懼心理，有利於患者進一步配合後續的治療。