牙周炎本身作為感染性的疾病，無論是服用阿莫西林還是頭孢，都有一定抗感染作用，但是牙周炎一定要說明，無論哪種藥物針對牙周炎治療效果都是不理想的，牙周炎最好的治療辦法，就是到專業的口腔科進行牙周治療，因為引起牙周炎主要的原因並不僅僅是細菌，還因為齦下的牙石，齦下的牙石大部分情況下，是由細菌、菌斑一層一層沉積而來，牙石不去除，通過應用藥物的方法不可能治療牙周炎。

治療牙周炎需要齦上潔治、齦下刮治，聯合根面平整等一系列牙周治療的辦法，使牙周的菌斑和牙結石得到較好、較充分的清理，才能使牙周較為衛生。這時可以考慮外用藥物，例如鹽酸米諾環素軟膏，同時如果要口服藥物，針對於牙周炎，甲硝唑是相對更加對症的藥物。