並不是所有Barrett食管都會癌變，有研究顯示80%的食管腺癌發生在Barrett食管基礎上。Barrett食管癌變是一個逐漸的過程，所以多久癌變沒有確切時間。它會從沒有異型增生，然後到低級別上皮內瘤變，然後再到高級別上皮內瘤變，最後發展為食管腺癌，所以沒有確切時間。

同時Barrett食管每個患者病變範圍、病變長度、病理類型不同，癌變風險也不同。一般有以下幾種情況，可能會增加癌變風險，反反覆覆有胃食管反流症狀，或有以下危險因素中的三個，年齡＞50歲、白種人、男性、肥胖，這四個因素裡面有三個以上，癌變風險會增加。如果有家族史，家裡一級親屬中至少有一個以上患Barrett食管相關的食管腺癌，他的癌變風險也會高於一般人群。