慢性咽炎多數的情況下是由於急性咽炎控制的不是特別好，遷延成慢性的咽炎。還有咽部鄰近器官的炎症導致慢性咽炎。比如鼻炎、鼻竇炎，分泌物從鼻腔後端流入到咽部，反覆刺激，造成慢性咽炎。還有扁桃體炎症，反覆發炎導致了咽部的炎症。胃部的反流性疾病，胃酸少量的反到咽喉，造成咽部的反覆不適。

所以慢性咽炎通常首先要甄別是咽部本身的慢性炎症，咽部局部的原因，還是鄰近器官發炎造成。如果是鄰近器官炎症或者疾病造成咽炎，將鄰近器官的炎症治療控制，慢性咽炎就可得到徹底的根治。