新生兒食道閉鎖手術以後短期之內併發症主要是肺炎，所以在臨床上要求護理、醫生進行手術後呼吸道管理很關鍵，特別是手術以後呼吸道分泌物增多，經過手術、麻醉創傷，呼吸道分泌物會增多，又加上術前有吸入性肺炎存在，呼吸道分泌物會很多，所以要求護理人員在短期之內只要發現孩子口腔內或者呼吸道內有痰，要及時清除痰液，短期之內最重要併發症是肺炎的表現。中遠期食道閉鎖併發症包括：

1、吻合口瘻，就是食道吻合地方出現瘻，不能進食，這樣的孩子可能是需要面臨二次手術風險；

2、更遠期會出現食道狹窄，因為疤痕癒合，周圍組織增生，導致吻合口狹窄，手術以後都有相對應處理方式，比如食道擴張，從而把食道擴張到正常口徑，不至於引起孩子進食以後導致嘔吐。