新生兒食道閉鎖術後一般會在呼吸機支持下進行12-24小時的呼吸支持，在術後進行短期靜脈營養支持治療，還有抗炎治療。在7-10天左右會進行食管造影，如果發現食管吻合沒有瘻，胃腸減壓管就可以拔除，孩子就可以進食。再經過1-2天觀察，胸腔內沒有積液，沒有積氣，胸腔閉式引流管可以拔除。基本上就是在術後2周左右，孩子就可以出院。新生兒食道閉鎖出院回家後，護理人員往往會告知家長，注意術後家庭護理，特別是進食一定要從少量、多次開始，不能一次喂的太急、太猛、太多，從而導致反流。