牙周炎通常有大量的齦下牙結石，除洗牙外還需進行牙周刮治，尤其是在牙齦炎症比較重的情況下，牙周刮治時可能會出現酸脹、疼痛、出血等不適感。如果牙齦炎比較重，可以先用漱口水、消炎藥控制炎症，同時在牙周刮治前可予以洗牙，去除齦下牙結石，進而緩解牙齦炎症。

經過上述處理後，開始進行牙周刮治，可分多次刮治，勿一次全部刮除，患者可能痛苦持續時間相對比較短。同時可以進行局部麻醉，尤其是需進行翻瓣術時，翻瓣刮治更需在局部注射麻藥，便於降低刮治時的疼痛感。如果牙齦炎症已經得到一定程度的控制後，出血也不會特別多，大部分患者能夠耐受。臨床在加強術前準備工作的同時，還需與患者加強溝通，以免由於不適感引起患者的牴觸情緒。大部分患者只要處理得當，通常能夠堅持治療過程。