牙周炎需要區分處於什麼時期，才決定是否需要吃消炎藥。對於慢性牙周炎，如果處於停止期或慢性炎症期，這時不需吃任何消炎藥。一般炎症比較重的時期需要吃消炎藥，所以牙周炎如果處於急性炎症期，出血比較多、疼痛，有這些情況時才需要吃藥。
吃藥需要吃兩種，一是抗厭氧菌的藥物，最常見的抗厭氧菌藥物是甲硝唑；二是抗需氧菌、革蘭陽性菌的藥物，一般用的最多的是阿莫西林。這兩種藥混合使用，能夠對急性炎症期起到比較好的效果。
如果是非急性炎症期，強烈建議不要使用藥物，使用這種抗炎藥會導致很多問題，有可能導致全身菌群失調，也有可能導致耐藥菌出現，所以一般只在急性炎症期建議使用消炎藥。
如果患者炎症、全身狀況不是特別重，可以考慮採用局部用藥。局部用藥可以用更強力的如雙氧水、碘甘油、四環素類藥物等，局部使用效果更好，反應更輕，所以優先建議使用局部消炎藥，當有全身狀況時再使用全身消炎藥。