口腔囊腫可能會發生癌變，但癌變率極低，癌變率通常為0.01%-0.02%，所以只要把牙齦囊腫摘除乾淨即可。如果摘除不乾淨，或摘除以後又復發，這種情況下則需提高警惕，以防癌變的發生。

牙齦囊腫分兒童牙齦囊腫和成人牙齦囊腫，兒童牙齦囊腫通常無需處理，長大後可自行消失。成人牙齦囊腫需採取手術治療，將囊腫整個摘除。