沙眼衣原體是導致沙眼的主要病原微生物，沙眼衣原體檢查陽性提示沙眼存在，此時需要進行治療，是否嚴重主要取決於沙眼對眼表造成的損傷。沙眼在以前屬於常見的眼部疾病，會造成嚴重後果，比如嚴重結膜炎、角膜炎、角膜新生血管，甚至嚴重時會導致眼瞼內翻、瘢痕，甚至失明。

隨著衛生條件改善，沙眼逐漸變成少見疾病，如果在眼部檢測到沙眼衣原體呈陽性，說明目前沙眼處於活躍期，需要進行積極抗沙眼治療。目前抗沙眼治療主要是紅黴素、阿奇黴素類藥物，隨著對沙眼的認識和抗生素研發，沙眼治療並不困難，而在於早期診斷、早期治療，不要等到沙眼造成嚴重眼部損傷後才進行治療，因為這時治療不可能逆轉沙眼對眼表造成的損傷。