沙眼在不同時期對應著不同的症狀，沙眼在急性發作時患者會出現眼睛充血、紅腫、流淚、眼睛疼痛等症狀。急性期過後，沙眼會慢慢進入到慢性期或瘢痕期，此時眼睛充血、流淚的症狀會逐漸減輕，隨之會出現眼睛乾澀、異物感。部分患者會因為沙眼而併發其他疾病，例如發生內翻倒睫、慢性淚囊炎，這時可能會造成患者出現新症狀。

如果患者有慢性淚囊炎，經常在眼角會有膿液存在。內翻倒睫經常會因為倒睫毛刺激眼睛，患者會出現充血、流淚、畏光等情況，所以沙眼的症狀和疾病病程相關。