妊娠合併沙眼衣原體感染屬於性接觸傳播的疾病，傳播方式主要是性接觸傳播，也可能通過間接接觸傳播。對於該病的患者，通過做陰道分泌物沙眼衣原體培養加藥敏試驗，根據藥敏試驗結果可選用孕期對胎兒影響最小、效果最好的藥物進行治療。同時可行沙眼衣原體核酸檢查輔助診斷。

如果未進行藥敏試驗，首選阿奇黴素進行治療。阿奇黴素可以在醫生指導下進行口服或靜脈輸注，一般建議治療7-10天。口服阿奇黴素可能出現胃腸道反應，因此建議飯後服用。服用後應注意觀察不良反應，如果不良反應過重應更換其它藥物治療。

此外，對於新生兒應進行沙眼衣原體預防性治療，以避免新生兒發生沙眼衣原體肺炎。