沙眼感染後分為初次感染和慢性期沙眼，初次感染時沙眼患者往往會出現急性結膜炎，會有眼部異物感、眼癢、眼疼、流淚，甚至有較多的結膜分泌物。

在急性期後沙眼會進入慢性期，常常在慢性期會有沙眼併發症出現，會有結膜瘢痕形成、沙眼引起乾眼的情況，患者會表現出明顯的眼部磨痛感和乾眼症的情況。嚴重者會出現眼部較嚴重的併發症，如瞼內翻、倒睫，倒睫會摩擦角膜上皮引起角膜混濁，甚至角膜炎；還會有部分患者併發有瞼球粘連，影響眼瞼的閉合，嚴重的患者會引起視力顯著下降。