目前針對乙肝病毒的清除沒有特效藥，但現有的抗乙肝病毒藥完全可以控制住乙肝病毒的複製，使病毒不再侵害肝臟，使肝臟的病變停止進展，防止肝硬化，降低晚期肝臟病的發生概率，以及晚期肝臟病所導致的致命性併發症的發生率。針對乙肝病毒的抗病毒藥，目前療效已經不錯，但清除乙肝病毒目前還達不到。

目前國際公認的抗乙肝病毒的藥包括核苷類似物，如恩替卡韋、替諾福韋，對於控制乙肝病毒複製都強而有效，通常在半年左右的時間，能把DNA控制在最低檢測線以下，從而使肝炎停止進展，防止肝臟病繼續進展。另外的藥物是干擾素，包括短效干擾素、長效干擾素，都能夠降低表面抗原，降低DNA，使肝臟的炎症逐漸停止進展。這兩類藥物也可以聯合使用，能夠最大程度抑制病毒複製，阻止病情的進展。