肝功能正常或不正常，針對於受檢者是否是有乙肝並沒有直接的關係。肝功能正常的受檢者，仍然有可能是乙肝病毒的感染者，而肝功能異常由於引起原因較多，除乙型肝炎外，還有丙型肝炎、甲型肝炎、戊型肝炎等病毒性肝炎外，還有酒精性肝炎、藥物性肝炎、自身免疫性肝炎等，均可引起肝功能異常，因此肝功能異常並不一定便是乙型肝炎。

臨床上還有種情況是乙肝病毒的攜帶者，其概念是肝功能正常、肝臟沒有受損，而且連續化驗多次肝功能均正常，但檢查乙肝五項，可能是大三陽或者小三陽，因此並不是存在乙肝病毒感染後，一定會引起肝臟的受損，或引起肝臟的炎症。乙肝病毒跟人體免疫系統之間存在免疫識別的問題，如自身免疫系統不識別病毒，即免疫系統針對病毒不產生免疫攻擊，此時人體與病毒便會處於和平共處的狀態，因此肝功能正常，並不意味一定沒有乙肝病毒感染。