乙肝疫苗第3針的不良反應，與注射第1針、第2針乙肝疫苗的不良反應相同，主要可表現為注射局部皮膚紅、腫、熱、痛、硬結，並可伴有低熱、倦怠、乏力、全身散在皮疹，以及皮疹部位瘙癢、腹痛、輕度腹瀉、食慾不振等不良反應。不良反應通常發生在注射後24-48小時內，一般較輕微，無需進行特殊處理，48小時內即可自行緩解。

但對於個別人群，如果局部皮膚紅、腫、痛的症狀較嚴重，甚至出現滲液、體溫超過39℃，且持續時間比較長，並伴有明顯的全身乏力、頭疼、全身痠痛、嚴重腹瀉、密集皮疹等中毒症狀，建議及時到醫院進行就診，由相關科室醫生做出正確判斷。通常需要化驗檢查，如血常規、便常規化驗等，判斷反應的程度、性質，並進行針對性處理。