小兒腸炎臨床分為感染性腹瀉病與非感染性腹瀉病，通常是小兒經微生物感染後，引起的小腸或結腸炎症，但也有部分小兒腸炎與感染無關，稱為非感染性腸炎。另外還有部分小兒腸炎與長期使用抗生素有關，稱為抗生素相關性腸炎。俗稱的消炎藥通常是指抗生素，感染性小兒腸炎常見以下三類：

1、病毒感染引起的小兒腸炎：如果小兒腸炎是由於病毒感染引起，常見的病毒主要為輪狀病毒。由於抗生素通常對於病毒感染沒有效果，因此病毒感染引起的小兒腸炎一般不使用抗生素進行治療。對於此類小兒腸炎，如果症狀較輕，通常需口服胃蛋白酶、乳酶生等藥物治療，嚴重者需禁食一段時間，或選用利巴韋林、雙嘧達莫等藥物治療，並遵醫囑補液；

2、細菌感染引起的小兒腸炎：致病菌如果是大腸桿菌、空腸彎曲桿菌等革蘭氏陰性桿菌，一般可以使用頭孢類藥物進行治療，比較常用的如頭孢地尼、頭孢曲松等，需在藥敏試驗後遵醫囑使用。如果小兒腸炎與葡萄球菌或鏈球菌感染有關，可以使用氨苄青黴素、慶大黴素等藥物控制病情，使用前也需要進行皮試；

3、真菌感染引起的小兒腸炎：如果是由白色念珠菌等真菌引起，可以在醫生指導下服用氟康唑、制黴菌素、克黴唑等抗生素進行治療。患有真菌性腸炎的小兒通常伴有鵝口瘡，需與其它類型的小兒腸炎相鑑別；小兒腸炎一般伴發有發熱、腹瀉等症狀，需要及時退熱、止瀉等對症處理，同時一定要充分的補液，防止休克發生。