嬰幼兒腸炎的症狀主要表現為腹瀉、腹痛、嘔吐等，嬰幼兒時期身體免疫力、腸道功能對外界抵抗力差，稍不注意就會引起腸炎。

由於細菌、病毒、腸黏膜炎症受到刺激時腸內容物增多，幼兒腸動力增強，吸收功能降低時會引起腹瀉，腸炎會引起腸管內致病菌大量滋生導致腸黏膜細胞壞死、脫落、充血，引起腸管痙攣時會表現為腹部疼痛，由於細菌會產生各種毒素引起腸管內血管、支配神經出現中毒樣改變，腸功能紊亂時也會引起疼痛。

由於腸黏膜部位的炎症刺激消化道感受器傳入延髓的嘔吐中樞引起興奮，通過傳輸神經達到胃、呼吸肌、咽、會厭就會引起幼兒嘔吐。