兒童心肌炎的住院治療時間通常根據嚴重程度決定。若心肌炎程度較輕、心肌酶不高或臨床表現較輕，心臟檢查顯示無心肌的嚴重損害，住院時間較短，通常為1周左右。

若心肌炎較為嚴重且心肌損害較重，臨床表現嚴重，甚至引起心臟功能不全，住院時間需根據病情相應延長，至少可能需要住院2周左右。住院期間進行營養心肌、抗病毒、改善心臟功能方面的治療等，症狀緩解且各項指標複查均正常後，才符合出院指徵。