心肌炎通常與先天心臟結構、功能沒有太大關係，兒童暴發性心肌炎與先天心臟是否正常沒有較大關係。心肌炎主要的原因為病毒感染、細菌感染，以及腫瘤、放射等原因，兒童心肌炎通常為病毒感染造成，包括消化道病毒感染、呼吸道病毒感染等，從而導致心肌炎症反應。

發病機制可能為病毒直接對心肌細胞造成侵犯和損害，也可能為病毒感染後誘發機體免疫反應，病毒可能在體內有一部分物質，與人體正常結構組織相似，則體內的免疫系統本身目的是清除病毒，但有時病毒或病毒產生的代謝產物與心肌比較相似，從而人體免疫系統有時將心肌組織認為是病毒的一部分，從而進行損害、破壞，即由於微生物感染後造成自身免疫異常。

大多數患者的心肌炎均屬於自限性的過程，通常經過1-2周即可完全恢復，並不留後遺症。極少數患者在急性期嚴重時可能對心臟造成嚴重損害，出現心律失常、心力衰竭等，稱為暴發性心肌炎。但通常經過急性期後，患者預後總體較好。