多數青少年急性心肌炎可自愈，不論急性期輕型、普通型或是急性期重型、暴發性心肌炎，多數患者在度過急性期後均可自愈。僅有極少數心肌炎患者可能遺留部分後遺效應，如心臟電路出現傳導阻滯、心臟擴大、纖維化等，也可能數年後或成年後出現心功能不全表現，表現為擴張型心肌病等，但此類情況僅為少數。

心肌炎發病機制是胃腸道或呼吸道病毒感染，或病毒直接侵犯心肌細胞，誘發機體異常免疫反應，導致自身免疫系統攻擊心肌細胞。患者度過急性期後，心肌炎便不會反覆或持續存在，類似病毒性感冒在未經治療情況下，大致數日到1周左右時間便可自愈。因此，心肌炎患者也可在度過急性期後達到自愈效果。