兒童腸炎使用抗生素要明確腸炎導致的原因，如果是細菌感染引起的兒童腸炎，一般建議使用三代頭孢類抗生素，而不能使用喹諾酮類抗生素，如氟哌酸等。

抗生素使用採取的原則是能口服不肌注，能肌注不靜點，一般先用口服藥物進行治療，如果口服藥無效才選擇靜脈輸液給藥的方式。兒童腸炎也可以對症使用如蒙脫石散這類藥物，進行止瀉的對症治療。