小兒心肌炎並不能自愈，小兒心肌炎是指心肌細胞的結構和功能受到不同程度的損傷。因此一旦心肌細胞沒有得到進一步的修復或治療，會導致損傷、缺血、變性、壞死進一步加重。因為心肌細胞不可再生，一旦心肌細胞出現嚴重變性，甚至出現壞死或纖維化，這部分心肌細胞的功能會出現不同程度的降低甚至消失，導致心肌整個結構出現紊亂。

心肌炎一旦診斷或發現，必須要積極或及早治療，儘量使心肌細胞在短時間內得到有效修復，保證心肌細胞功能的完整性，避免出現不可逆的心肌細胞受損，甚至壞死，從而影響心臟的結構或功能。因此小兒心肌炎必須予以重視，及早診斷，及早給予正規的營養心肌治療。同時在後期，建議在心血管專科進行長期的隨訪與觀察，以瞭解心肌炎的恢復情況，是否遺留相關的後遺症。