兒童心肌炎分為輕型的心肌炎、重型心肌炎或者暴發性心肌炎，治療主要根據臨床症狀、實驗室檢查、心電圖的改變、心臟彩超，以及心臟結構和功能恢復的情況進行綜合判斷。輕型的心肌炎可能治療1-2周的時間，臨床症狀會明顯緩解，之前升高的心肌酶可以降到正常，心電圖的改變有所減輕或者恢復，心臟的結構和功能大致正常。通常建議服藥的週期為3-6個月，是一個比較小的治療週期。

如果是重症或者暴發性心肌炎，早期病情比較危重，心臟受累範圍比較廣，相對而言住院的時間較長，兒童的生命體徵平穩，臨床症狀明顯緩解，異常升高的心肌酶降至正常或者接近於正常，並且心電圖沒有急性期的改變，心臟彩超提示兒童心臟的結構和功能均較之前有一個明顯好轉，此時才可出院。但這部分重症心肌炎的兒童，需要定期在心內科的門診進行隨診。服藥也要根據後期的恢復情況而定，通常建議至少服藥一年左右，並根據恢復情況進行酌情的調整。