懷孕和胃腸炎症都有可能會引起噁心、嘔吐、厭食的症狀，懷孕所引起的噁心、嘔吐、厭食絕大部分是在早晨相對症狀比較嚴重，而胃腸炎引起的胃腸道反應無論在什麼時候都可能會出現。另外，懷孕會有明顯的停經史，而胃腸炎症不一定有停經史，胃腸炎症會出現下腹部、胃部不舒服或者出現疼痛，而正常的懷孕不會出現疼痛。

通過抽血檢查或者尿液HCG的化驗，可以做出相應的鑑別診斷，懷孕以後尿HCG會呈現陽性反應，而胃腸炎症通過尿HCG化驗不會出現陽性反應，胃腸炎症通過大便常規化驗可能會出現陽性結果。