腸結核是否需要住院治療，以及住院時間的長短，取決於病情的嚴重程度。對於狀況較為穩定的腸結核患者，可以門診應用藥物進行治療，不需要住院。若患者處於腸結核急性發作期，就需要住院穩定病情，住院治療的時間大約需要1-2周。如果合併腸出血、腸穿孔以及腸梗阻等情況，甚至可能需要進行手術治療，住院時間就有可能延長至3-4周。

腸結核的治療和肺結核相似，都是應用異煙肼、利福平等抗結核藥物進行治療，治療時間往往需要治療6-9個月，有的患者甚至需要治療1年以上。抗結核治療過程中需要每1-2周複查1次血常規、肝功能、腎功能、血尿酸等，以觀察藥物的毒副作用，每1-2個月複查鋇餐透視、腸鏡以判斷藥物療效。

腸結核的早診斷、早治療，合理選擇抗結核藥物，保證足量、足療程治療是決定預後的關鍵。病變早期及時治療後可痊癒，一般預後良好，不會影響壽命。若伴有嚴重併發症者，一般預後較差。由於腸結核是慢性消耗性疾病，日常生活管理重在飲食調理，建議患者每餐合理、均衡分配各種營養物質，補充足夠的營養，進食高蛋白、高纖維的食物。