肥厚型心肌病進行手術，常為肥厚型梗阻性心肌病，因室間隔需切除很大一部分，因此有些患者術後可能併發傳導阻滯問題，或部分左束支傳導阻滯；而部分患者術後心肌可能還肥厚，故而逐漸又形成梗阻。肥厚型心肌病術後相對較重的併發症，是切除過多導致室間隔穿孔，在出院前還需再次手術。

總之，肥厚型心肌病是一個慢性疾病，患者需長期治療。術後需要應用β受體阻滯劑減少心肌收縮，方可減慢病情進展。