隱球菌腦炎又稱為隱球菌性腦膜腦炎，是顱內感染中常見的真菌感染。影響隱球菌性腦膜腦炎預後的因素，常見有以下幾種：

1、免疫力低下：患者是否合併艾滋病，以及其他免疫缺陷病，或者長期應用免疫抑制劑，導致抵抗力低下。即使此次隱球菌性腦膜腦炎得到控制，但仍容易再次感染、復發或出現其他併發症，預後普遍偏差；

2、藥物耐受性：隱球菌性腦膜腦炎的治療藥物主要是兩性黴素B和氟胞嘧啶，次選藥物是氟康唑及伏立康唑，上述藥物的毒副作用均偏大，尤其是兩性黴素B和氟胞嘧啶，部分患者不能夠耐受藥物的毒副作用，而出現腎功能衰竭以及嚴重的電解質紊亂、嘔吐、營養不良等。如果不能耐受藥物的毒副作用，藥物不能達到有效的血藥濃度，預後便會較差。如果能夠耐受藥物的毒副作用，患者能夠堅持用藥，預後便會相對較好，甚至可能會治癒；

3、是否為複發性隱球菌感染：如果一次性隱球菌感染徹底治好後不再復發，通常不會有大問題。部分患者反覆感染或者感染沒有徹底治好，而隱球菌只是處在潛伏狀態，一旦激活，效果會明顯降低，預後便會相對較差。