大部分抗NMDA受體腦炎患者預後較良好，不遺留或較少遺留後遺症，部分患者會遺留不同類型的後遺症，主要包括以下幾種;

1、癲癇：最常遺留，也叫症狀性癲癇，發生率最高。大部分患者即使腦炎治癒，但由於顳葉和邊緣系統受過損害，會遺留一定致癇灶，在恢復過程中，甚至完全康復後，還會遺留各種類型癲癇發作；

2、智能減退：由於抗NMDA受體腦炎主要攻擊大腦皮層，因此即使功能恢復，仍有部分患者會遺留不同程度智能下降，如忘事、記憶力減退，或者是反應遲鈍；

3、語言障礙：部分患者會遺留語言障礙，如青少年、小孩子及語言功能發育不佳的患者，在腦炎治癒後，會遺留一定的語言發育遲緩，甚至講話功能減退，如找詞困難、用詞不當，以及不同類型失語；

4、精神症狀：由於抗NMDA受體腦炎累及額顳葉以及邊緣系統，上述部位與精神活動密切相關。因此部分患者會遺留一定程度精神症狀，如幻覺、妄想、衝動等過度型人格特徵。