絕大多數腦炎都是可治性疾病，經過精心治療，可以改善甚至完全恢復。如果由於腦炎昏迷，甚至住進ICU，稱之為重症腦炎，有一定死亡率，部分患者恢復不好，可能長期昏迷甚至最終救不過來。但是相當一部分患者可以治療，只是急性期腦水腫較重，炎症沒有得到有效控制，病原體可能還沒有查明，此時較危險。一旦度過危險期並明確病原體，且對治療有一定反應，腦炎引起的昏迷還有可能改善，患者也有可能清醒。

因此因腦炎昏迷住進ICU時，應盡力進行治療，不放棄任何希望。由腦炎導致的昏迷通常是一過性昏迷，有一定的治療機會和治療價值。但如果長期昏迷不醒，甚至生命體徵出現嚴重改變，此時有可能預後不良，恢復較差。