寶寶腦炎的早期症狀並不典型，因為引起寶寶腦炎的病毒或細菌比較多樣，可以是腸道病毒感染，也可以是呼吸道感染引起。如果寶寶身體抵抗力好，可能部分病毒只會單純的表現成上呼吸道感染。如果經過及時治療或寶寶抵抗力強，通常只會表現為感冒的過程，寶寶即可痊癒。

而同樣的致病菌，如果寶寶身體的抵抗力比較弱，細菌或病毒可以通過消化道或呼吸道侵犯淋巴系統或血液系統。經過循環播散，將細菌、病毒帶到神經系統，即中樞神經系統，進一步引起中樞神經系統感染，出現相應的腦炎、腦膜炎症狀。寶寶就會表現為發燒、頭疼、噁心、嘔吐，甚至嚴重時還會出現昏迷，更嚴重時會出現後遺症或呼吸、心跳驟停的表現。